מצבם של נחלי יהודה ושומרון  רע – תוצאה של הזרמת שפכים וקולחים באיכות נמוכה מישובים פלשתינים, התנחלויות ומחנות צה"ל. חלק מהשפכים זורמים לכיוון הקו הירוק, וגורמים לזיהום נחלים, לזיהום הים, למפגעים בריאותיים קשים, לסכנת מחלות ולסגירת חופים לרחצה. חלקם מחלחלים למי התהום ממנו שותים כולנו – ישראלים ופלשתינים, ומזהמים את מקור המים החשוב ביותר של תושבי האזור.

בשנים הקרובות כמות השפכים צפויה לגדול בעקבות גידול בישובים הפלשתינים, שכיום מזרימים את שפכיהם לבורות ספיגה, או למתקנים מיושנים, ובעקבות הגידול המתמיד באוכלוסיית ההתנחלויות והקמת ישובים חדשים למרות שאין להם שום פתרון ביוב (מצב האסור בתחום הקו הירוק). בהיעדר מכונים לטיהור שפכים (מט"ש) בקיבולת מספקת –  התוצאה תהיה תוספת ביוב בנחלים, ובראשם אלכסנדר, הירקון ונחל באר שבע, וזיהום חמור של מי התהום.

על רשות המים והמינהל האזרחי להפסיק עם עצימת העיניים, ולהפנים את העובדה שכל השפכים שמיוצרים מעבר לקו הירוק, בסופם להגיע לנחלים שהם חוצי הגבולות, או לחלחל למי התהום. במקום להמשיך ולהקים פתרונות נקודתיים וארעיים, יש להכין תוכנית הכוללת מערכות אזוריות – כדוגמת מט"ש שוקת שקולט את שפכי חברון, שיטפלו בשפכים ויזרימו את הקולחים לאזורי הביקוש בתוך הקו הירוק או בבקעת הירדן. במקביל יש  להמשיך ולעודד את הפלשתינים לטפל בשפכיהם במקור, באמצעות הקמת מט"שים אזוריים, במימון המדינות התורמות, או במימון ישראלי, ולהשתמש בקולחים להשקיה חקלאית בשטחיהם – היכן שאפשר. הדברים אמורים במיוחד על בעידן של משבר אקלים שבו כמויות הגשם רק ילכו ויתמעטו ולכל טיפת מים יש חשיבות רבה – עצימת עיניים והכחשת הנזק הם לא מדיניות!

דו"ח מבקר המדינה מ-2017 קבע: "מרבית השפכים ביו"ש, ביתיים ותעשייתיים, אינם עוברים טיפול נאות להסרת המזהמים, והם מוזרמים לנחלים או לבורות ספיגה. זיהום מי התהום והנחלים מהווה סיכון לאוכלוסייה ולסביבה בשלושה היבטים עיקריים:  (א) הפחתת כמות המים הזמינים לשימוש האוכלוסייה החיה באזור;  (ב) פגיעה בבריאות הציבור ובאיכות חייו עקב מפגעי תברואה ומטרדים סביבתיים;  (ג) פגיעה במערכות אקולוגיות. עוד כתב המבקר: ממשלת ישראל לא גיבשה עד כה מדיניות לניהול סביבתי חוצה גבולות עם שכנותיה, לרבות בתחום המים, ואין לה מדיניות כאמור בדבר מפגעים החוצים את הקו הירוק ואת הגבול עם רצועת עזה. כמו כן, הממשלה לא הגדירה גורם אחד, בעל ראייה כוללת, שיוביל נושא זה. לפיכך מתעכבים במשך שנים ארוכות פתרונות למפגעים סביבתיים חמורים ומתמשכים, לעתים תוך כדי הפרת הדין ופגיעה בבריאות הציבור ובאינטרסים מדיניים חשובים של ישראל".

להלן רשימה חלקית של ישובים המזהמים את הנחלים:

שפכי ההתנחלויות

רוב ההתנחלויות מעבר לקו הירוק אינן מטפלות בשפכיהן בצורה יעילה, אם בכלל –להלן רשימה חלקית:

קדומים והבסיס הצבאי הסמוך:  השפכים זורמים לאגן נחל תאנים ומחלחלים לאקוויפר ההר, שהוא מקור המים הטבעי המרכזי של מדינת ישראל והרש"פ.

ברקן, ברוכים ועלי זהב:  מזרימות ביוב גולמי לנחל סאסי שבאגן נחל ירקון. המים מחלחלים בדרך לאקוויפר.

אריאל:  להתנחלות החמישית בגודלה ביהודה ושומרון המונה למעלה מ-20 אלף תושבים" מט"ש קטן הפועל בטכנולוגיה מיושנת שאינו תואם את גודל הישוב. השפכים גולשים לנחל רבה, שהוא אחד מיובלי הירקון וגורמים לזיהום הנחל. חלקם משמשים להשקיית סרק ומחלחלים למי התהום.

בסיס צבאי ליד עותניאל:  כל השפכים זורמים לסביבה.

בית חורון: השפכים זורמים לסביבה.

תקוע: בעקבות סכסוך בין הקבלן והמועצה האזורית גוש עציון, שפכים ממט"ש תקוע זורמים לנחל תקוע ומשם לנחל דרגה. ההזרמה נמשכת מ-2022.

שפכי ישובים פלשתינים

קלקיליה – השפכים זורמים כיום בתעלה מתחת לגדר ההפרדה לנחל סיר ומשם לירקון, שעבר במהלך השנים תהליכי שיקום ממושכים. השפכים גורמים לא אחת לסגירת הנחל לשייט. בעקבות פניות רבות של "צלול" וגורמים אחרים, הניחה רשות המים צינור שמזרים את השפכים למט"ש דרום שרון מזרחי, לפחות לתקופת. עם בוא הגשמים, ומחשש לכניסת שפכים מהולים בנגר למט"ש, השפכים יחזרו לנחל ולחופי תל אביב.

רמאללה – בעקבות תקלה, השפכים זורמים לנחל שורק (במקום לנחל מודיעין אליו זרמו בעבר). המינהל האזרחי מבטיח מזה מספר שנים שיפרסם מכרז לתיקון התקלה ולהעברת השפכים לטיפול במט"ש – המכרז לא פורסם.

שכם וטול כרם – השפכים זורמים לנחל שכם ומשם לנחל אלכסנדר ולחופי בית ינאי ומכמורת. לפני 22 שנה הקימה המדינה מתקן חירום לטיפול בשפכים, לשלוש שנים, שלאחריו תקים מתקן קבוע, אך המתקן טרם הוקם. רשות המים התחייבה לפרסם מכרז להקמת המט"ש בקיץ 2023. לפי שעה המכרז לא פורסם. חשוב לציין שהמדינה מקזזת מהפלשתינים את עלות הטיפול בשפכים למרות שהטיפול במתקן החירום הוא חלקי בלבד. על המדינה לקיים את הבטחתה לבג"ץ לפרסם את המכרז למט"ש ולמנוע בכך את המשך זיהום הנחל.

ללא צעדים משמעותיים, הדורשים הקצאת משאבים, כפי שנעשה בנחל קדרון, בנחל חברון ואולי יעשה גם בנחל אלכסנדר וללא הגבלה של הגדלת הישובים עד למציאת פתרון – מצב הנחלים רק ילך ויחמיר.