החל מפברואר 2017, ולאחר שנים רבות של הזרמה, הפסיק מפעל השפד"ן להזרים בוצת שפכים לים. הפסקת הזרמת הבוצה היא ניצחון אדיר לעמותת צלול שנאבקה שנים רבות למען הפסקת הזרמת הבוצה לים, מניעת שריפתה ולמען הפיכתה לדשן חקלאי.
השפד"ן, מכון טיהור השפכים הגדול של גוש דן, נחשב במשך שנים רבות למזהם הגדול ביותר של מזרח הים התיכון. בכל שנה הזרים השפד"ן לים התיכון כ-5.6 מיליון טון בוצת שפכים מזוהמת, שהכילה שאריות חיידקים, מתכות כבדות ושאר חומרים המסוכנים לבריאות האדם ולבריאות הסביבה הימית.
ארגוני הסביבה, ובראשם "צלול", ניהלו במשך שנים ארוכות מאבק עיקש וממושך בדרישה להפסיק את הזרמת הבוצה המזוהמת לים. בעקבות הדרישה, ולאחר התחמקויות רבות, החליטה הנהלת השפד"ן להקים משרפה לשריפת הבוצה. ארגוני הסביבה התנגדו לרעיון זה, בטענה שאין מחליפים מפגע אחד במפגע אחר, ושאין להפוך את הבוצה לזיהום אוויר.
לאחר מאבק ממושך, אותו הובילה "צלול", החליטה הנהלת השפד"ן לזנוח את רעיון המשרפה, והתחייבה להקים מתקן שיהפוך את הבוצה לדשן. משרד החקלאות תמך בהחלטה והודיע שיש ביקוש עצום לדשן זה, כך שאין שום סיבה שלא להתחיל בפרויקט.
רק ב-2011, לאחר שנים רבות של סחבת ושל עיכובים, במהלכן המשיכה הבוצה לזרום לים ולזהמו, החלה הנהלת השפד"ן להקים את הפתרון לטיפול בבוצה, תוך שדחתה פעם אחר פעם את תאריך סיום העבודות, המשיכה להזרים את הבוצה המזוהמת לים ובנוסף ניסתה לחמוק מתשלום היטל ההזרמה (ראו מסגרת).
בעקבות דרישת "צלול", הצהיר מנכ"ל השפד"ן, מרק אוקון, שהזרמת הבוצה תפסק ב-2016. לצפייה בהבטחה ואכן, בפברואר 2017, חדלה הבוצה מלזרום לים. משמעות הפסקת ההזרמה היא הישג אדיר לסביבה והישג אדיר לעמותת צלול.
במהלך ספטמבר 2016 התברר כי הבוצה אולי תפסיק לזרום לים, אך השפד"ן ימשיך להזרים לים קולחים ברמה שניונית באמצעות הזרמתם לנחל שורק ומשם לים. ההזרמה היא תוצאה של צמצום שטחי ההחדרה בחולות יבנה. השפד"ן מטהר את השפכים לרמה שניונית ומחדיר אותם לקרקע באזור יבנה. לאחר תקופה של מספר חודשים הקולחים נשאבים על-ידי חברת מקורות ונשלחים להשקיית הנגב. בשנים האחרונות, הצטמצמו שטחי ההחדרה בעקבות תהליכים ביולוגיים שפגעו ביכולת החידור של הקרקע אך גם בשל אי הקמה מספיקה של מאגרי קולחים. התוצאה מכל אלה היא הזרמת הקולחים לנחל השורק ולים ופגיעה באיכות המים. במהלך 2017 החליטה רשות המים להוסיף משטחי החדרה ולאשר הקמת מתקנים לטיפול שלישוני בשפכים. יש לציין, כי בשנים הקרובות תזרים גם הרצליה את שפכיה לטיפול השפד"ן, עובדה זו מגבירה את הצורך בהקמת שטחי החדרה נוספים.