עוד ב-25 באפריל 2010 ערכה עמותת "צלול" יום עיון, "ההתפלה והשפעותיה על הים", במהלכו הוצגה לראשונה סוגיית הנזק הצפוי לים מההתפלה. ואכן, כל הנוכחים הסכימו, כי למתקן ההתפלה יש פוטנציאל נזק לסביבה הימית. 

במסגרת יום העיון התקיימה הרצאת אורח של ד"ר סבין לטמן, מדענית סביבתית העוסקת בנושאים ימיים, אשר סיימה את מחקרה בפברואר 2010 בנושא ההשפעות הסביבתיות של מתקני התפלת מי הים. 

ב-13 באפריל 2013 הגישה "צלול" התנגדות  לתכנית המתאר להתפלה בטענה, שהיא חורגת  מהיקף ההתפלה שקבעה הממשלה ב- 100 מיליון מ"ק. לטענת "צלול", הממשלה קבעה יעד התפלה של 750 מלמ"ק עד ל-2020 ויעד של 1,750 מלמ"ק עד ל-2050. למרות קביעה זו התכנית כוללת תכנון של מתקני התפלה בהיקף של 1,025 מלמ"ק עד לשנת 2020 ו-1,875 מלמ"ק,שהם הגדלה של כ-125 מלמ"ק על הכמות המתוכננת. כמות זו אינה כוללת את מתקן ההתפלה הנוסף המתוכנן בחדרה, שאם יאושר יביא להגדלה נוספת של הכמות ואינה מתייחסת להיקף ההתפלה המקסימלי האפשרי ממתקנים אלה.

עוד טענה "צלול", כי התכנית מציינת כי מדובר בתפוקה "מתוכננת" ולא בתפוקה "מרבית" וכי אמירה זו מגלמת בתוכה סכנה, שכן היא מאפשרת את הגדלה עתידית של מתקני ההתפלה ללא כל התחשבות בסביבה הימית ובכושר הנשיאה שלה. הדבר חמור שבעתיים על רקע העובדה, שהשפעות ההתפלה על הסביבה הימית טרם הובהרו.

• הוראות התמ"א אינן כוללות זהירות מספקת בכל הנוגע לסביבה, וזאת למרות שההשפעות הסביבתיות של מתקני ההתפלה לא נחקרו עד היום בצורה רצופה ועמוקה. 
• הוראות התמ"א לא פורסמו ולא הופצו לציבור, על-מנת שיוכל להביע דעתו, זאת למרות שהתוכנית מקבעת אתרי התפלה למשך 40 השנים הבאות. הדבר נוגד את כללי הצדק הטבעי ואת זכות הטיעון. מדובר על נוהל לא מקובל לאישור תמ"א ובפרט לא כשהמדובר בתכנית בעלת היקף השפעה משמעותי על החופים ועל המרחב הימי. 

עוד קבעה "צלול", כי מתקני ההתפלה לאורך חופי ישראל מיצרים כבר כיום 595 מלמ"ק מים מותפלים. חדרה (127 מלמ"ק), שורק א' (150 מלמ"ק), פלמחים א' (85 מלמ"ק), אשדוד א' (100 מלמ"ק), אשקלון (118 מלמ"ק) ואילת (15 מלמ"ק). היקף ההתפלה המאושר בעקבות הרחבת מתקנים קיימים והוספת מתקנים חדשים יעלה את יכולת ההספקה, עוד לפני 2020, ל-1025 מלמ"ק. בנוסף, מקדמים מוסדות התכנון  את תמ"א 34/ב/2/ 3 להקמת מתקן התפלה בגליל המערבי לייצור 200 מלמ"ק. מיקום האתר והמועד המתוכנן להפעלתו טרם נקבעו סופית.

אם לא די בכך, ההוראות הקיימות של תמ"א 34/ב/2/2 מאפשרות לבנות מתקני התפלה בספיקה גדולה יותר ממה שאושר במועצה הארצית ובמסמך האב של רשות המים. מתן אפשרות שכזו מעקר את יכולת הבקרה של המועצה הארצית ונותן, הלכה למעשה, יד חופשית חריגה לרשות המים ולמשרד האנרגיה והמים להגדיל את הכמות המותפלת ולהשפיע בכך על הסביבה הימית, דבר המנוגד להנחיות התכנון ולתפקיד המועצה הארצית לתכנון ובניה. עוד טענה "צלול", כי ישראל חסרה ידע מספיק לגבי השפעת ההתפלה על הסביבה הימית. המחסור ביעד נובע מהיעדר מחקרים בנושא. מכאן, שכל החלטה המתקבלת על-ידי המועצה הארצית בשלב זה נעדרת גיבוי מחקרי. אין מנוס מהמחשבה, שתוצאות מחקרים רחבי היקף באם היו מונחים על שולחן המועצה היו משכנעים אותה לנהוג ביתר איפוק וביתר מתינות ו/או להדגיש סוגיות מחייבות נוספות על הכתוב כיום בהוראות התמ"א. מכאן, שנדרש כי בהוראות התמ"א יופיעו עקרונות ברורים המשקפים את הצורך בשמירה על הסביבה הימית והחופית, ומזעור הפגיעה בהם.

באשר לעקרון השקיפות, קבעה "צלול", שאין חולק על כך, שמן הראוי היה להציג תוכנית זו בפני הציבור, במיוחד לאור השפעתה הרבה על משק המים, הסביבה החופית והים התיכון למשך שנים רבות.