בעקבות מאבק ממושך של עמותת צלול, בפברואר 2017 הפסיק השפד"ן להזרים בוצת שפכים לים. בכך הוסר הזיהום הגדול ביותר של מזרח הים התיכון.
מתקן השפד"ן הוא מכון טיהור השפכים הגדול ביותר בארץ המטפל בשפכי כל גוש דן. במשך שנים הזרים השפד"ן לים את הבוצה, בנפח של 5.6 מיליון מ"ק בשנה. הבוצה היא תוצר הלוואי של הטיפול בשפכים שמכילה בעיקר חיידקים ושאר מזהמים. בתחילה ביקשה הנהלת השפד"ן מתקן לשריפת הבוצה, אך בעקבות התנגדות עזה של עמותת צלול ושאר גורמים, שלדעתם אין להחליף תוכנית זו לא יצאה אל הפועל. כיום משמשת הבוצה כדשן חקלאי בשדות הנגב. זהו עוד הישג עצום של "צלול" למען הפסקת זיהום הים.
כיום משמש הצינור שהזרים את הבוצה להזרמת תמלחות, באישור הוועדה למתן היתרי הזרמה לים ולהזרמת מי התסנין של המתקן לסחיטת הבוצה. בימים אלה מקים השפד"ן מתקן לטיפול בתסנין ולמניעת הזרמתו. השלמת המתקן צפוייה לקראת סוף 2023.
במקביל מבצע השפד"ן פרויקט הרחבה שיאפשר לו לקלוט כמות גדולה יותר של שפכים, במיוחד לאור העובדה שכיום הוא נמצא כמעט לקראת שיא הקיבולת שלו. הרחבה של השלב הראשון תסתיים ב-2023. השלב השני יושלם ב-2028 (מודול D) שיאפשר את החיבור של הרצלייה וביטול המט"ש הקיים המזרים כיום את הקולחים (באיכות שלישונית) לים.
