בשל השפעתו הגוברת של האדם על סביבתו, מרחב המחייה של החי והצומח בארץ הולך וקטן במידה ניכרת, גם בהשוואה למקומות אחרים בעולם. אמנם ברחבי המדינה קיימות שמורות טבע וגנים לאומיים, שבאחריות רשות הטבע והגנים, אך משילות נמוכה ואי-אכיפה מספקת של חוקים שנועדו לשמור על הסביבה, גורמים לכך שהמגוון הביולוגי בארץ נמצא בסכנת הכחדה מתמשכת. על-פי הספר האדום של רשות הטבע והגנים (מבוסס על כללים של הארגון הבין לאומי לשמירת טבע (IUCN בשנים האחרונות נכחדו בארץ כ- 28 בעלי חוליות. כ-450 בעלי חוליות, (37%) נמצאים בסכנת הכחדה, ביניהם מינים אנדמיים ולא אנדמיים. חשוב להדגיש, כי חלק מהמינים שבסכנת הכחדה בישראל, אינם נמצאים בסכנת באזורים אחרים בעולם.
בין הגורמים לפגיעה הנמשכת בבעלי חיים, צמצום בתי הגידול של בעלי החיים שנגרם בעקבות הבנייה המואצת, הקמת ישובים חדשים ופלישה לשטחים הפתוחים. על-פי הערכה, כאשר 90% מבתי הגידול נעלמים, כ-50% מן המינים שחיו בהם עלולים להיעלם.
ציד בלתי חוקי ואי-אכיפה של החוק להגנת חיות הבר, תשט"ו-1955, גם הם סיבה דרמטית להיעלמות בעלי-חיים ומנגד לשגשוג של אחרים בעקבות קטילת אויביהם הטבעיים. עובדה זו גורמת לשבירת האיזון הטבעי בטבע. סיבה נוספת היא הרעלות מכוונות – הרעלת מזון, הרעלת מקורות מים וכו' במטרה להפטר ממזיקים אך גם כחלק מסכסוכי שכנים. תוצאות ההרעלה הן הרסניות בקנה מידה גדול מאוד. פגר מורעל אחד עלול לחסל כ-60 נשרים, בשל נטייתם לאכול בחבורה.
החקלאות אף היא תורמת להכחדת בעלי החיים באמצעות דחיקת רגליהם ממקומות מושבם, שימוש גובר בחומרי דישון והדברה והרעלות יזומות של בעלי חיים שנחשבים כמזיקים לחקלאות.
סיבה מרכזית נוספת היא זיהום נחלים. נחלי הארץ סובלים מזה שנים רבות מזיהום, הזנחה וייבוש כתוצאה מכך הפכו רובם למובלי שפכים וקולחים, שבהם זורמים כ-50 מיליון מ"ק קולחים ושפכים בשנה. אכיפה לקויה ואי השקעה מספיקה במערכות הטיפול וההולכה, בעיקר בישובים חלשים, גורמת לכך שבכל שנה מתרחשות כ-700 תקלות במכונים לטיהור שפכים, מאגרי קולחים וצנרת, שתוצאתם היא הזרמה של מזהמים רבים לנחלי הארץ. אם לא די בכך, מצוקת המים המתמשכת בה שרויה ישראל גרמה לתפיסה של רוב המעיינות. כתוצאה מכך, גם הנחלים שהיו להם מקורות מים משל עצמם – כזיב, בצת, נעמן, קישון, תנינים וירקון, מתאפיינים במפלסים נמוכים ובמצוקת מים קשה הפוגעת בתפקוד התקין של הנחל. תוצאת מיעוט המים והזיהום הוא קטלני לגבי רוב בעלי החיים שחיו עד לפני שנים לא רבות בנחלי ישראל. הזרמת שפכים וקולחים לנחלים גורמת לשינוי מידי ודרמטי בנחל. ההשתנות באה לידי ביטוי בכל הרמות: בפרמטרים פיזיקליים וכימיים ובפגיעה קשה במיקרואורגניזמים ואורגניזמים. הירידה בכמות החמצן גורמת לתמותה מהירה של דגים ושל חסרי חוליות ומשם הדרך קצרה להכחדתה של שרשרת המזון התלויה בנחל. באותה עת הזיהום גורם לשגשוגם של בעלי חיים העמידים לריכוזים נמוכים של חמצן ואף להעדר חמצן. הפגיעה בנחלים יוצרת צורך בתחזוקה שגורמת לפגיעה נוספת ומצמצת את יכולתו להתאושש.
אתרי המפלט, כשמם, ישמשו כמקום מגן לצמחיה ולבעלי החיים הנמצאים תחת איום בשל שלל הגורמים שהוזכרו כאן, ובעיקר מפני זיהום הנחלים וירידת מפלסי המים שבהם. הצלחתו של הפרויקט תסייע לא רק להצלת המגוון הביולוגי בנחלים אלא תיצור מסר חינוכי בדבר חשיבות שמירת הטבע והאפשרות להצלתו.