כבכל סתיו גם בסתיו 2024, נצבע נחל אלכסנדר בשחור בעקבות הזרמת עקר (מוהל) מתחום הרשות הפלשתינית לנחל שכם ומשם לנחל אלכסנדר ולחופי מכמורת ובית ינאי.
העקר הוא תוצר לוואי של תהליך ייצור השמן הוא מתאפיין בעומס אורגני גבוה ובחומציות רבה (עשיר בפוליפנולים) ולכן כשהוא מוזרם לנחלים ולים הוא גורם לירידה חדה בכמות החמצן במים, לפגיעה קשה בחי ובצומח ולצביעת המים בצבע שחור. כשהעקר מגיע למכון לטיפול בשפכים (מט"ש) הוא גורם למותם של החיידקים שהם חלק מרכזי בתהליך הטיפול ולהזרמת ביוב גולמי לנחלים ולים.
בארבע שנים האחרונות מנסים המועצה האזורית עמק חפר, רשות הטבע והגנים (רט"ג) והמינהל האזרחי להתמודד עם הבעיה הקשה באמצעות איסוף העקר במקור – הישר מבתי הבד ופיזורו בכרמי הזייתים ובצידי הדרכים, כפי שהדבר נעשה בהצלחה רבה בתחום הקו הירוק. בנוסף, במט"ש מפוזר חומר סופח עקר שיעילותו לא גדולה במיוחד, מים מהולים בעקר נאגרים במאגר העוגן ולפני ההזרמה לנחל הם מלוטשים באגנים הירוקים. בנוסף מוזרמים מים נקיים לאסטואר – השפך כדי לדלל במעט את הזיהום ולמנוע את הפגיעה הקשה בדגים, כפי שאירע לא אחת בעבר. את הפעולות מממנים משרד האוצר ורשות המים מכסף שישראל מקזזת מהפלשתינים.
אך מתברר שלמרות המאמצים, ההצלחה חלקית בלבד. ההוכחה לכך היא הזרם השחור שמגיע בכל שנה לנחל ומשם לים. יש לקוות שגשמי החורף יצליחו לנקות את המים לפני שהנזקים יהפכו משמעותיים הרבה יותר ובכל מקרה יש להגביר את המאמצים למנוע את הגעת העקר לנחלים ואת זרימתו בהם.
בראשית 2025, כך הובטח לא פעם, תפרסם המדינה מכרז להקמת מט"ש חדש ביד חנה לטיפול בשפכים והקולחים המגיעים מתחום הרשות הפלשתינית. למרבה הצער גם המט"ש המתקדם ביותר לא יצליח לטפל בעקר, שהוא כאמור חומר חומצי במיוחד, ולכן לא תהייה ברירה אלא להמשיך במאמצים ללכוד אותו במעלה לפני שיגיע למט"ש החדש ויגרום לקריסתו.