עמותת "צלול" נוסדה ב-1999 כחלק מהמאבק להצלת שונית האלמוגים הנדירה של מפרץ אילת, אותה זיהמו כלובי הדגים של החקלאות הימית. בעקבות פעילות "צלול" הכלובים הוצאו מהים והשונית התאוששה. זו היתה הפעם הראשונה בתולדות המדינה, שבה מפעל מזהם נסגר באופן סופי בעקבות פגיעה בסביבה ודרישה של ארגוני הסביבה והציבור.
בהמשך דרכה שמה "צלול" לעצמה למטרה לפעול לשמירה על הים, הנחלים, בריאות הסביבה והציבור, ולהעלות נושאים אלה על סדר היום הפוליטי והציבורי.
כיום "צלול" היא שומרת הסף של הים והנחלים בישראל ומי שדואגת לשלומו ובטחונו של הציבור.
צוות "צלול" כולל מומחי סביבה, כלכלנים, מדענים, עורכי דין, אנשי יחסי ציבור, מתנדבים ועוד. ב"צלול" תומכים אנשים פרטיים, אזרחים וקרנות מהארץ ומהעולם, ובראשן קרן משפחת קאהן. "צלול" מסרבת לקבל תרומות מגופים ממשלתיים במטרה לשמור על עצמאותה.
