משרדי הממשלה בשיתוף "אגמא" פרסמו תוכנית אסטרטגית לשימור ושיקום נחלי ישראל שסובלים מזיהום אורך שנים. אלא שלמרות העבודה הרבה שהושקעה בהכנת העבודה והניתוח המעמיק של הסיבות למצבם העגום של נחלי הארץ שסובלים מזיהום והזנחה, ולמרות השקעות כספיות רבות מצד גורמים שונים, שפועלים לשיקום הנחלים, לדעת "צלול" נראה שבשלב המסקנות והיישום קיימת החמצה שתגרום לכך שחוסר התיאום בין הגורמים השונים ימשך גם בעתיד. המלצת העבודה היא שנושא שיקום הנחלים יופקד בידי "צוות בין משרדי המורכב מהשחקנים המרכזיים ברמה הארצית. חלופה זו נבחרה על פני שלוש חלופות: הקמת רשות סטטוטורית ארצית לנחלים ואגני היקוות – שתקבל תקצוב עצמאי ותשמש בתפקיד רגולטור. הקמת מטה ארצי לקידום נושא הנחלים – גוף שאינו סטטוטורי, לא מקבל סמכויות על חשבון משרדי הממשלה אך מתוקצב מטעמם ומורכב מעובדים שזהו תפקידם הייעודי, ועל פני חלופה של ריכוז האחריות והסמכויות במשרד ממשלתי אחד, שירכז לתוכו סמכויות, אחריות ומשאבים מיתר המשרדים והגופים. בדברי ההסבר לבחירה בחלופת "הקמת צוות בין משרדי" הוסבר שישנה חשיבות מכרעת לניצול שעת הכושר שנוצרה לקידום נושא הנחלים. את החלופה כינתה העבודה "אינה מושלמת אך מעשית" והמליצה לצוות שיוקם לקדם בשלב הבא את חלופת ה"מטה הארצי".
עמותת "צלול סבורה שלמרות מצב המלחמה בו שרויה המדינה קיים חשש ש"מה שהיה הוא שיהיה". ההמלצה לא יוצרת מחויבות חדשה לטיפול בנחלים. בעבודה נכתב במפורש: "לחלופה רמת היתכנות גבוהה למימוש במציאות הקימת. הקמת צוות כזה תלויה אך ורק ברצונם הטוב של השחקנים המרכזיים אשר הוכיחו את כוונותיהם והירתמותם למשימה במהלך העבודה על התוכנית". רצון טוב הוא חשוב אך הוא אינו מספיק במיוחד במציאות שבה ידיהם של הרגולטורים מלאות עבודה, וקיים חשש שנושא הנחלים ידחק שוב לשוליים. לדעת "צלול" המלצה זו מחמיצה הזדמנות לחולל שינוי אמיתי ולמרות הנסיבות המיוחדות אפשר היה לבחור בחלופה אחרת – שאפתנית יותר. בנוסף, העבודה לא כוללת התייחסות מספיקה לנושא הפיקוח והאכיפה על המזהמים. לצורך כך ממליצה "צלול" להקים יחידה ארצית להגנת המים והנחלים במשר להגנת הסביבה, בדומה ליחידה הארצית להגנת הים והחופים, שכן ברור שנושא האכיפה סובל מכשל מתמשך שהוא אחת הסיבות המרכזיות למצבם הקשה של הנחלים.
פגם נוסף וקריטי בעבודה הוא היעדר מקור תקציבי צבוע להגשמתה. העבודה מצביעה על שלל יעדים ומשימות שיש לבצע: השלמת תוכנית מערכתית למניעת זיהום נחלים, התנעה של בניית מערך לניטור ובקרה על איכות המים בנחלים, בניית מתודולוגיות להתמודדות עם אירועי זיהום בהתאם לסוגי זיהמום שונים ומאפייניהם, יצירת תשתית לטובת סקר סיכונים של מקורות הזיהום ועוד ועוד. הניסיון מלמד שללא מקור תקציבי אין סיכוי שמשימות חשובות אלה אכן יוגשמו. במציאות שבה משרדי הממשלה סופגים קיצוצי תקציב קשה לראות איך יקציבו כסף ליישום מטרות אלה. יש לקוות שהצוות הבין משרדי אכן יצליח למצוא תקציבים להגשמת המשימות שהציבה העבודה.
העבודה ממליצה גם להעניק לרשויות הניקוז סמכויות, יכולות ומשאבים – לבחון את תפקודן בנושא שיקום נחלים, להגדיר סמכויות נוספות ולהפוך אותן לרשויות אגניות. מהלך חשוב ביותר שגם לו דרוש תקציב שלא ברור מהיכן יגיע. "צלול" גם מתנגדת לתוכנית לאחד בין רשויות הניקוז ורשויות הנחל – רשות נחל הירקון ורשות נחל הקישון. שתי הרשויות הוכיחו הצלחה רבה בטיפולן בנחלים, עובדה המצוינת בעבודה, ולכן אין להפסיק את פעילותן. בנוסף, צוות מנכ"לים במשרד ראש הממשלה מגבש בימים אלה תוכנית להעברת רשויות הניקוז ממשרד החקלאות לרשות המים. עובדה זו אינה באה לידי ביטוי כלל בעבודה זו למרות שיש לה משמעויות חוקיות, כלכליות ותקציביות מרחיקות לכל.
