מאבקה של עמותת צלול להוצאת כלובי הדגים של החקלאות נחשב עד היום למאבק מעורר השראה שכן לראשונה החליטה המדינה לסגור מפעל בעקבות פגיעתו בסביבה. המאבק שנמשך כ-10 שנים והיה כרוך במשאבים רבים, הוכיח שנחישות ואמונה בצדקת הדרך יכולים גם לכוחות הפוליטיים החזקים ביותר
1995 – כלובי הדגים של החקלאות הימית הוכנסו לים כחלק מניסוי של המכון לחקר הימים והאגמים (חיא"ל) לגדל דגי לוורק ודניס בתנאי שבי.
בתום פיתוח הטכנולוגיה, חותמת חיא"ל על הסכם עם שתי חברות מסחריות: "ערדג" בבעלות קיבוצי הערבה, ו"דג סוף", שמתחילות לגדל דגים בכלובים בים. בשיאו, הגיע היקף הגידול לכ-2,500 טון דגים בשנה. לאורך כל התקופה פעלו הכלובים ללא רישיון עסק וללא אישור גופי התכנון. המבנים ביבשה פעלו מכוח היתר חריג שתוקפו וארך מפעם לפעם. הכל בטענה שמדובר בפילוט.
עם הכנסת הכלובים לים, ולאורך כל תקופת פעולתם, טענו ארגוני הסביבה, ובראשם עמותת צלול, כי כלובי הדגים מזהמים את הים, פוגעים בדגה ובעיקר גורמים להרס בלתי נסבל של שונית האלמוגים הרגישה והמיוחדת של מפרץ אילת, שהיא הצפונית בעולם ושיש לה ערך סביבתי, תיירותי וכלכלי אדיר. מחקרים שבוצעו כמה שנים אחר-כך (2019-2020) קבעו שבשל המבנה הגנטי המיוחד שלה השונית של מפרץ אילת תצליח לשרוד עלייה בטמפרטורת הים, וזאת בשונה משאר שוניות העולם שנפגעו פגיעה קשה משינוי האקלים וההתחממות.
לטענת "צלול", המזון הרב שהוגש לדגים שהכיל כמויות גדולות של זרחן ופחמן והפרשות הדגים גרמו לעכירות המים ולשינוי הרכבם. עובדה שפגעה קשות באיכות מי הים וצלילותם, שהם תנאי הכרחי להתפתחות אלמוגים. הדגים הגדלים בצפיפות רבה נחשפו למחלות, שהתפשטו בים כולו. בריחת דגים מהכלובים הפרה את האיזון הביולוגי העדין שמפרץ. כל אלה פגעו במערכת האקולוגית העדינה והרגישה של המפרץ וחיבו לסלק את הכלובים מהמקום באופן מידי. עמותת צלול זכתה לגיבוי מצד מדענים מובילים, ובראשם פרופ' יוסי לויה, שהצביעו על התדרדרות קשה במצבה של השונית מאז תחילת פעילות הכלובים. חיא"ל, לעומת זאת, פרסמה מעת לעת דו"חות חיוביים על מצב המפרץ. כשהתברר שהיא גובה תמלוגים מהמגדלים בעבור השימוש בטכנולוגיה שלה לגידול דגים, דרשו ארגוני הסביבה להתעלם מדו"חות אלה בטענה לניגוד עניינים.
2001 צוות מדענים קבע שהסיבה המרכזית לזיהום המפרץ והפגיעה באלמוגים הם כלובי הדגים. מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה אמר שיפעל להוצאת כל המזהמים מהים, כולל הכלובים.
2002 המועצה הארצית החליטה שלא לאשר את הכלובים במסגרת תוכנית המתאר הארצית לחופי מפרץ אילת (תמ"א 13). הוועדה המקומית אילת והוועדה המחוזית דרום החליטו במקביל שאין להשאיר את הכלובים בים, זאת למרות המלצת ועדת מומחים להמשיך בניטור הכלובים.
2003 – רשות הנמלים הגישה תביעה לסילוק יד ופינוי כנגד כלובי הדגים השוהים במימי המפרץ ללא חוזה.
בעלי הכלובים הגישו ערר לועדת הערר המחוזית על החלטת הועדה המחוזית שלא לאשר את המשך פעילות הכלובים. ועדת ערר מחוזית דרום דחתה את הערר שהגישו בעלי הכלובים והורתה על ניתוק תשתיות המים והחשמל. לדעת הוועדה: פרשת כלובי הדגים היא "מקרה קיצוני שבו החוטא יוצא נשכר ולכן יש להפעיל נגדו סמכות לניתוק תשתיות". עוד קבעה הוועדה, שאי הציות לחוק נמשך לאורך זמן והוא עומד בניגוד להחלטות מוסדות התכנון ובניגוד להחלטות שיפוטיות".
המשרד להגנת הסביבה ממנה צוות מדענים בינ"ל לבדיקת מצב המפרץ והשפעת הכלובים.
המועצה הארצית לתכנון ובנייה החליטה לאשר את תוכנית המתאר לחופי אילת ללא כלובי הדגים.
ביוני המועצה אישרה שוב את ההחלטה בעקבות דיון נוסף שהתקיים לאחר שנשמעו חוות דעת ונערכו שימועים רבים.
2004 (פברואר) המכון הבינאוניברסיטאי פרסם דו"ח הקובע כי כלובי הדגים הם גורם הזיהום העיקרי במפרץ אילת וכי יש להפסיק לאלתר את הזרמת חומרי הדשן לים.
מרץ – אישור תוכנית המתאר לחופי אילת הוגש לממשלה, שהחליטה להמתין לדו"ח ועדת המומחים הבינ"ל ורק אחר כך לשקול את ההחלטה. בעלי הכלובים ניסו לנצל את חוות הדעת כדי לבשר על ניצחון וגייסו את השחקנים דליק ווליניץ ואת אלכס אנסקי כדי שיעידו כי הכלובים אינם פוגעים בסביבה.
דו"ח צוות המומחים הבינ"ל קבע באופן מעורפל למדי, שכלובי הדגים הם התורמים הגדולים של חנקן וזרחן לצפון מפרץ אילת וכי יש לנקוט "אמצעי זהירות", אך לא קבע באופן חד משמעי שיש להוציאם מהים. "צלול" אמרה בתגובה: "קשה להשתחרר מהתחושה שלשונה של דו"ח המדענים, פתלתלה ומתחמקת ורוחו אינה מדעית כי אם פוליטית, באופן שאמצעים אלו נועדו לאפשר לכוחות שונים, לעשות שימוש כזה או אחר בדו"ח".
חוות הדעת של צוות המדענים זכתה לביקורת קשה גם מצד מדענים מקומיים בטענה שהם חסרי כל הבנה בנושא זה.
תוכנית המתאר חזרה למועצה הארצית, שהחליטה שלא לשנות את החלטה. השרה להגנת הסביבה דאז, פרופ' יהודית נאות, אמרה, כי יש להוציא את הכלובים מהמפרץ לאלתר.
2005 (יוני) הממשלה החליטה לאשר את תמ"א 13 ללא כלובי הדגים, והורתה על הוצאתם מהים בתוך שלוש שנים. במקביל, עיריית אילת נקטה בצעדים כנגד שתי החברות בעקבות הקמת מבנים ללא היתר על החוף. החברות החליטו לפנות את המבנים.
ינואר 2007 תהליך הוצאת הכלובים החל.
אוקטובר 2007 היועץ המשפטי לממשלה דוחה את הצעת מנכ"ל משרד ראש הממשלה, רענן דינור, להאריך את פעילות הכלובים בכמה שנים.
יוני 2008 הליך הוצאת הכלובים מהים הסתיים. ניצחון גדול של ארגוני הסביבה, ובראשם עמותת צלול, שגרמו לראשונה בישראל לסגירתו של מפעל מזהם לאחר שהוכח שפגע בסביבה.
2018 – דו"ח מדעי של המכון הבינאוניברסיטאי למדע הים באילת קובע ש-10 שנים לאחר הוצאת הכלובים, האזור מתאושש והמערכת הולכת ומבריאה.
אין ספק שמדובר באחד המאבקים הסביבתיים מעוררי ההשראה. כיום משמש המודל של הוצאת הכלובים מהים ארגוני סביבה אחרים בעולם הטוענים שאין להקים מפעלים לייצור דגים בסביבה הימית הרגישה, ובעיקר לא במפרצים המשמשים גם לתיירות.
בעקבות הוצאת כלובי הדגים מים סוף עברה חברת "ערדג" לגדל דגים בכלובים בים התיכון. קיבוצי הערבה עברו לפתח אנרגיה חלופית בהצלחה מרובה.