• בעקבות חורף 2001 שהיה גשום במיוחד, אירעו הצפות קשות באזור מפרץ חיפה שהביאו להחלטה להעמיק את אפיק הנחל, כדי להגדיל את קיבולת המים ולאפשר להם לזרום לים. 
• חפירת בדיקה שבוצעה באפיק העלתה שקרקעית הנחל מכוסה בבוצה מסוכנת, במרקם הדומה לפלסטלינה, שהצטברה במקום בעקבות שנים רבות של הזרמת שפכים מזוהמים. (הבוצה שנחפרה בשלב הראשון נאגרה בשלוש ברכות שהוקמו לאורך הנחל).
• רק בנובמבר 2011 ולאחר שנים ארוכות של ויכוחים בין המפעלים לבין המדינה (שבפועל הייתה המזהם העיקרי, שכן היא הייתה הבעלים של המפעלים בתקופת הזיהום), החליטה הממשלה לאמץ תוכנית לניקוי קרקעית הנחל והעמקתה.
• ההחלטה כללה מתווה למימון הפרויקט, שעלותו הוערכה בכ-260 מיליון שקל. להחלטה נלווה נספח להצעת מחליטים המפרט את הפרויקט.
• ביצוע הפרויקט, שתוכנן על ידי דני שרבן מ"יודפת מהנדסים", הוטל על רשות ניקוז ונחלים קישון, ברשות חיים חמי. לפרויקט הוקמה מנהלת בה חברים משרדי ממשלה וכן ארגונים מטעם הציבור. בינייהם  "צלול".
• לאחר שהוחלט על מתווה המימון, פרסמה רשות הניקוז שני מכרזים:  מכרז לעבודות עפר, בו זכתה חברת ב. רחמים (שלא השלימה את חלקה בחפירה) ומכרז לניקוי קרקעית הנחל בו זכתה חברת אנגלוב הקנדיתשנטשה את הפרויקט במהלך פברואר 2015, לאחר חילוקי דעות בינה לבין רשות הניקוז.
• במרכז חילוקי הדעות, דרישתה של אנגלוב לתוספת של 50 מיליון שקל. עם עזיבת הקנדים הועבר הביצוע לחברה ישראלית.

מה כלל הפרויקט?

• הפרויקט כלל הטיה של קטע נחל באורך של 1.5 ק"מ למעקף קבוע (נפתול) בסמוך למתחם בתי הזיקוק.
• שטח הנפתול נחפר וכוסה ביריעות פלסטיק, עליהן נערמת הבוצה בנפח של כ-400 אלף מ"ק, שנחפרה מתוך הנחל.
• בסוף העבודות כוסתה הגבעה המלאכותית בקרקע חרסיתית מתוך תקווה שתהפוך לפארק.
• את קרקעית הנחל חפר דרג'ר, שהובא לארץ לצורך הפרויקט.
• חפירת הנחל תוכננה לאורך של 6-7 קמ' ולעומק של 2.5 קמ'. הטיפול בקרקע המזוהמת כלל את יבוש הסדימנט והפרדתו למרכיביו וכן טיפול ביולוגי במים לפני השבתם לנחל לפי ערכי סף שנקבעו מראש.
• ערך הסף לטיפול בפחממנים נקבע ל-1,560 חל"מ, זאת בעקבות סקר סיכונים שבוצע ע"י ד"ר אטול סלהוטרה. (במכרז דובר על 850 חל"מ).
• המים הנשאבים עברו תהליך הפרדה ממוצקים באמצעות צנטריפוגות, שיקוע ותהליך טיפול. החזרה לנחל היתה בערכים של 100 מג"ל מוצקים מרחפים, 20 מג"ל חנקן כללי ו- 5 מג"ל חנקן אמוניאקלי (NH4-N). ערך ההגבה עמד על 8.5. (pH<8.5).
• לטענת מנהלי הפרויקט מאחר והנחל סבל מחומציות רבה, רוב המתכות הכבדות עוכלו או נשטפו לים במהלך השנים ולכן אין חשש לכך שהמים שיוחזרו לנחל יכילו מתכות כבדות.

פרשת צו ההרשאה

• הנהלת הפרויקט ביקשה צו הרשאה להזרמה לנחל  מהוועדה למתן צווי הרשאה להזרמה לנחלים, שבאחריות רשות המים. בוועדה זו חברים נציגי המשרד להגנת הסביבה, נציגי רשות המים ונציגי משרד הבריאות. (כל הזרמה לנחל מחייבת קבלת צו הרשאה). מנהל רשות המים, אלכס קושניר, סירב להעניק את הצו לפרויקט, בטענה לליקויים בבקשה. למרות זאת עבודות הטיהור וההזרמה לנחל נמשכו.
• בעקבות חשיפת הפרשה ותגובת "צלול", הופסקו העבודות בנחל עד לאישור הצו. בעקבות לחצים של המשרד להגנת הסביבה הצו ניתן בסופו של דבר והעבודות חודשו לאחר שבועיים של הפסקה. 
• לטענת "צלול", רשות הניקוז והמשרד להגנת הסביבה פעלו שלא כדין וקיים חשש שעבריינות זו תשמש כתקדים מסוכן למפעלים ולחברות, שיטענו שניתן להזרים לנחל ללא צו הרשאה.
• בלי קשר לפרשה זו, דורשת "צלול" להעביר את הטיפול בנחל לוועדה למתן היתרי הזרמה לים, שהיא ועדה סטטוטורית, שמטפלת ממילא בבקשות ההזרמה של מפעלי כלל מפעלי הקישון.

פרשת המליחות

עם התקדמות העבודות התברר שהמים הנשאבים יחד עם הבוצה מכילים מליחות גבוהה המקשה על הטיפול הביולוגי. עובדה זו גורמת להאטת העבודות ולחשש באשר להמשכותן. "צלול" התנגדה למתן הקלה בנושא השבת המים לנחל ודרשה מהאחראים לפרויקט למצוא פתרון הולם לבעייה. הפתרון שנמצא היה שימוש במי בז"ן שבמקום לזרום לנחל הוזרמו לשימוש הפרויקט.

 אורניום בנחל

• סקר שערך המכון הגיאולוגי באזור הצפון חשף קיומם של ריכוזי אורניום גבוהים באחת הברכות שלאורך הנחל בריכוז של 500 ppm.
• חשיפת החומר עוררה את החשש לפיו עם העברת החומר לפארק, הוא עלול לסכן את הציבור שיטייל במקום. 
• המשרד להגנת הסביבה סבור שאין שום סכנה בריכוז האורניום שבמקום, שלדעתו אינו חורג מהמותר. טענה נוספת היא שבכל מקרה הפרויקט כולו יכוסה ב-1 מ' אדמה, שתמנע את השפעת הקרינה. עמותת צלול פנתה במכתב למכון הגאולוגי  כדי שיחווה את דעתו בנושא זה, במטרה למנוע אפשרות לסיכון העובדים בנחל ולסיכון המבקרים בפארק העתידי שיוקם במקום. בדיקה שערכה "צלול" לא מצאה עדויות להמצאות חומרים רדיואקטיביים בבוצה.

• עמותת צלול הביעה לא אחת את דאגתה באשר להשפעת העבודות על מצב הנחל ועל הסכנה שבהזרמת מתכות כבדות לגוף המים ולים. "צלול" חששה שהרחפה זו תגרום לנזק קשה לנחל ולכן דרשה לצמצמה כלל האפשר וזאת במקביל לדרישתה למנוע הזרמת מזהמים לנחל. "צלול" דגמה את הנחל מתוך כוונה לעקוב אחר מצבו. הדגימות שנערכו עד למאי 2015 לא הוכיחו הפרה של הנחל. ביוני 2016 קיימה צלול סדרה של בדיקות בהר הבוצה המטופלת שעל גדת הנחל. תוצאות הבדיקה הראו חריגות של 22% ברמות ה-TPH, עובדה המעידה על כשלון הטיפול בגורם הזיהום המרכזי בנחל. 

  עוד מצאה "צלול", שלמרות שניקוי הנחל לא הושלם ורק 60% מהבוצה המזוהמת הוצאה מהנחל, החליטו, רשות הניקוז והמשרד להגנת הסביבה להפסיקו ב-9 לספטמבר 2016. התוצאה היא שהנחל נותר מזוהם בחלקים גדולים ממנו. מכאן, שלמרות השקעה של 220 מיליון שקל בניקוי הבוצה לא הוצאה במלואה.

  "צלול" דרשה להשלים את ניקוי הנחל, לנטר את גבעות הבוצה שעל גדותיו ולדאוג לאמצעי טיפול מתאימים.