צוות מומחים של האגודה הישראלית לאקולוגיה המונה 31 חברים פרסם דו"ח הקורא לעצור את הסכם קצא"א בשל הסיכון לתקלות מהצינור וזאת לאור היסטורית הדליפות ממתקני קצא"א ומתקנים דומים בעולם. לדעת מחברי הדוח השאלה הנשאלת היא לא האם תתרחש דליפה אלא מתי ובאיזה היקף.
עוד עולה מהדו"ח שהנזק שעלול להיגרם מדליפה בצינור קצא"א הוא עצום ובעל השלכות על כלל אזרחי המדינה. על-פי הערכות, עלות הנזקים הישירים והעקיפים של אירוע שפך נפט בים תיכון בסדר גודל של 3,000 טון נפט) 1% מנפח מכלית של 250 אלף טון תסתכם ב-11 מיליארד שקל. אירוע שפך כזה במפרץ אילת יגרום לנזק מתמשך ועקיף לכלכלת אילת המסתכם גם הוא במיליארדי שקלים.
בנוסף, אישור ההסכם על ידי ממשלת ישראל מהווה תמיכה בהמשך השימוש בנפט גולמי, תחת קידום חלופות של אנרגיה נקייה; והוא מכשיל את מאמצי מדינת ישראל בחזית ההתמודדות הבינלאומית עם משבר האקלים. יתרה מכך, ההסכם ממצב את ישראל כ"מדינת נפט" מזהמת ולא כמדינה ירוקה ומתקדמת – בניגוד להצהרותיה הבינלאומיות ולתדמית הגיאופוליטית אליה שואפת ישראל באקלים הגלובלי הנוכחי.
לדעת המדענים הסיכונים הצפויים מאישור ההסכם הם למשק המים, זיהום ים, שונית האלמוגים, זיום יבשתי, פגיעה במערכת האקולוגית בים התיכון, זיהום אוויר ועוד.