האיגוד הישראלי להתפלה כתב למשרד ראש הממשלה ולשר האנרגיה, ישראל כץ שהוא מאמץ את חוות הדעת והמלצות צוות המומחים מנובמבר 2021 תחת המטריה של האגודה הישראלית לאקולוגיה ולמדעי הסביבה בעניין השלכות ההסכם על מערך ההתפלה של ישראל. לדברי האיגוד: "ישראל היא המדינה המערבית היחידה שמסתמכת על התפלת מים לשימוש ביתי ותעשייתי באופן כמעט בלעדי – 83% כיום ועד מעל ל- 90% בעתיד הלא רחוק. חמשת מפעלי ההתפלה הגדולים – אשקלון, אשדוד, פלמחים, שורק וחדרה – המספקים את רוב מי השתיה בישראל, מרוכזים ברצועה צרה בת כ- 100 ק"מ. היות שהזרמים בחופו המזרחי של הים התיכון נוטים לנוע בדרך כלל מדרום לצפון, שפך נפט באזור נמל אשקלון עלול לנוע צפונה ובתוך זמן קצר להעמיד בסכנה את רוב מערך ההתפלה של ישראל לחופי הים התיכון".
עוד כתבו שעל פי חוות דעת של רשות המים מיולי 2021 הסיכון העיקרי לזיהום מתקני ההתפלה נובע מפעילות הקשורה להובלה ולשינוע של שמנים ודלקים בקרבתם. בתרחיש של אירוע שפך משמעותי, שבמהלכו יושבתו מספר מתקני התפלה בו-זמנית, ייתכן שתידרש הקטנת אספקת מים לחקלאות בהיקף של עד 20% במהלך חודשי ההשבתה. פירוש הדבר הוא פגיעה בהכנסות החקלאים, בביטחון התזונתי של מדינת ישראל ובקופת המדינה שתיאלץ לפצות את בעלי מתקני ההתפלה עבור תקופת ההשבתה. במקרה של שפך נפט לים, במתקנים קיימת מערכת התרעה שתביא את המתקנים להשבית מיידית את פעילתם כדי להגן עליהם מפני פגיעה. בתרחיש כזה, המתקנים יחזרו לעבוד רק כשהסכנה תחלוף, פרק זמן שעשוי להימשך בין חודש לששה חודשים. הנזק הכלכלי והסביבתי מהשבתת אחד או יותר ממתקני ההתפלה צפוי להיות משמעותי וכמות המים החסרה תופק ממקורות המים הטבעיים, לרבות קידוחי חברת "מקורות" ושאיבה מוגברת מהכינרת, תוך העמדתם בסיכון לשאיבת יתר ופגיעה במאמצי השיקום של מקורות מים חיוניים אלו.
בתרחיש שבו ההתרעה מגיעה באיחור ומים מזוהמים בנפט חודרים למתקני ההתפלה, הנזק יהיה גדול לאין שיעור. זהו איננו תרחיש בלתי סביר: נכון להיום קיימים במתקני ההתפלה מדי שמן פוטומטריים להתרעה, אך איכות המדידה שלהם ואמינותם אינן גבוהות; השימוש במדי שמן צפים איננו אפשרי בתנאי הים המקומיים, ואף לא נעשה ניטור שמן במים באמצעות מצלמות חכמות ברזולוציה גבוהה, רחפנים או לוויינים, שלא ברורה האפקטיביות של ניטור כזה לזיהוי כתם נפט בים גבוה.
בנוסף, קיימת סכנה שנגזרות הנפט (נגזרות אורגניות קטן-מולקולריות) ישארו במים ויסכנו את מערכות טיפול הקדם במתקני ההתפלה. חדירה משמעותית של נפט אל פילטר החול בשלב הטיפול המקדים במי הים פירושה השבתה של המתקנים לחודשים רבים, ואפילו עד לתקופה של שנה. במקרים כאלה קיימת אפשרות לפגיעה רחבה בממברנות האוסמוזה ההפוכה – הרכיב המרכזי במערכת ההתפלה (מתקן התפלה גדול מכיל עשרות אלפי ממברנות בעלות של מיליוני דולרים רבים).
דליפת נפט משמעותית במפרץ אילת עלולה להוביל להשבתת מתקן ההתפלה באילת באופן חלקי, דבר שיפגע באספקת המים לעיר אילת, כמו גם להשבתתם של מתקני ההתפלה המוקמים בימים אלו על ידי ממלכת ירדן סמוך לחוף הסעודי, על ההשלכות המדיניות והכלכליות שבכך. לסיכום, כתב האיגוד שהוא סבור כי הרחבת פעילות שינוע הנפט של קצא"א מגדילה באופן משמעותי את ארבעת הסיכונים לפגיעה חמורה ב מערך התפלת המים של ישראל, עליו נסמכת באופן כמעט בלעדי הספקת המים הביתית והתעשייתית. האיגוד מצטרף להמלצת ועדת המומחים להביא לביטולו של ההסכם וכן לנקוט בצעדי מדיניות נדרשים לצורך מניעה, מוכנות ותגובה לתקריות זיהום ים משפך נפט.