שפיעה בעבר: 50 מיליון מ"ק
שפיעה כיום: 2 מיליון מ"ק בשנה. רוב המים מועברים להשקייה ולברכות הדגים
בקילומטר האחרון מתחבר נחל הנעמן לנחל החילזון. הנחל המאוחד זורם לים התיכון בסמוך לעכו.
מזהמים עיקריים : חילזון: עודפי מט"ש כרמיאל. נעמן: ברכות הדגים של קיבוץ אפק וכפר מסריק.
זיהום רב ותדמית רעה
נחל הנעמן הוא בעצם תעלת ניקוז שנחפרה בשנות ה-30 כחלק מהמלחמה בקדחת. בהמשכו מתאחד הנעמן עם נחל החילזון, הזורם ממזרח למערב. הנחל המאוחד נשפך לים בחופה של עכו.
עד לשנות ה-40' שפעו מעיינות אפק, המזינים את הנעמן, כ-50 מיליון מ"ק מים בשנה. ב-1942 החלו בתי הזיקוק השוכנים בסמוך, לשאוב את מי המעיינות. בשנות ה-60' ביצעה מקורות קידוחים למרגלות ההרים. שאיבה זו דלדלה כמעט לחלוטין את המעיינות הנוספים שהזינו את הנחל.
במקביל לשאיבת המים, החלו גורמים שונים להזרים מזהמים לאפיק המתייבש –שפכי מפעלי תעשייה ובהם מפעלי מילואות, שפכי מזבלות, שפכים חקלאים, פלט ברכות דגים ובעיקר שפכים גולמיים וקולחים שלא טוהרו לרמה מספיקה. שפכים אלה זרמו לים התיכון וגרמו במשך שנים לסגירתם של חופי עכו לרחצה.
פעילות צלול
ביולי 2004 נטלה על עצמה עמותת "צלול" את המשימה להביא לניקוי הנחל ולהפסקת הזרמת המזהמים לים. במסיבת עיתונאים שכינסה הציגה העמותה נתוני בדיקת מעבדה שהוכיחה כי המפעלים מזרימים לנחל מזהמים רבים הגורמים לנזק רב לנחל. "צלול" דרשה לזרז את בניית מט"ש עכו, אליו יוזרמו השפכים ולאכוף על המפעלים את תנאי רשיון העסק המחייבים אותם לקולחים ברמת טיהור גבוהה הרבה יותר. ואכן,בסוף פעילות ממושכת מט"ש עכו הוקם והשפכים חדלו מלזרום לנחל ולים.
הנחל כיום
גם כיום, לאחר הפסקת הזרמת שפכי המפעלים, פלט ברכות דגים של הקיבוצים אפק ועין המפרץ, העמוס בחומרי זיהום הכוללים הפרשות דגים וחומרי הזנה, זורם אל הנחל. העדר מים בנחל גורם לכך שזורמים בו בעיקר מים באיכות נמוכה.
הזרמת השפכים ארוכת השנים גורמת גם כיום לתדמיתו השלילית של הנחל. הגורמים לכך הם שכנותו של הנחל לאזור התעשייה צור שלום, המאופיין בתעשייה כבדה. בסמוך לגדת הנחל שוכן מפעל קומפסוט שתורם לכלוך רב לסביבתו. גם קיומם של מפעלי מילואות ומתקני טיהור השפכים שלהם אינם תורמים לחווית הבילוי לאורכו. כיום האזור כולו סובל ממפלסי מים נמוכים בעקבות הפחיתה בכמות הגשמים ושאיבת היתר של אקוויפר כורדני. עובדה הפוגעת גם בשמורת בטבע כרי נעמן וגורמת להתייבשות עין נמפית.