זיהום מרשויות וממפעלים

כחלק מההיתר מוטל על המזרימים לשלם היטל הזרמה לים, שלו שני תפקידים מרכזיים:

• לבטא את הנזק שגורמת ההזרמה לסביבה הימית ולציבור. 
• ליצור עלות כלכלית למזהמים המשתמשים בים כבפתרון להזרמת השפכים, ולגרום להם למצוא חלופה יבשתית להזרמה.

תקבולי היטל ההזרמה מועברים לקופת הקרן למניעת זיהום ים של המשרד להגנת הסביבה,
בתום כל רבעון, החל מאוקטובר 2011. הכסף משמש לפעילות היחידה הארצית להגנת הסביבה הימית של המשרד להגנת הסביבה. יש לציין, שהיחידה מוציאה בכל שנה כ-5.1 מיליון שקל לפעולות ניטור, בדיקה ואכיפה.

עבודה שכתבה עמותת צלול ב- 2013 –  היטל הזרמה לים כסף קטן, קובעת, כי ההיטל במתכונתו הנוכחית מצליח לבטא במידה מועטה מאוד את הנזק הנגרם לים, וכי בשל שיעורו הנמוך הוא נכשל בהפנמת הנזק, ואינו גורם לשינוי תהליכי הייצור או לשינוי התנהגותם של המזהמים.
באשר למשימה השנייה, שהיא הפסקת הזיהום, ספק אם ההיטל מצליח לעמוד בה. הסיבה לכך היא התשלום הנמוך המוטל כיום על רוב המזהמים. כך למשל, 
 עיריית הרצלייה, משלמת בעבור הזרמת כל קולחיה לים, כ-55 אלף שקל בשנה.
משחטת הוד חפר, הנחשבת לאחת הגדולות בארץ, משלמת 4,111 שקל בשנה. אמנם הסכומים
מצטברים בסופו של דבר לכמה מיליונים בשנה, המיטיבים עם קופת המשרד להגנת הסביבה, שנחשב
למשרד קטן ודל תקציב, אך ספק אם יצליחו להגשים את מטרות ההיטל, שהיא הפסקת הזרמת
המזהמים לים. לדעת "צלול" יש להגדיל את ההיטל כדי להפכו לאפקטיבי יותר ואף להטילו על מזרימי שפכים וקולחים לנחלים, שכולם מגיעים בסופו של דבר לים. בנוסף, דורשת עמותת צלול להטיל היטל הזרמה לנחל גם על מזרימי מזהמים לנחלים באמצעות צו הרשאה והיטל כפול ומכופל למי שלא קיבל צו.