אם לא די בזיהום הנחלים והים שגרמו הנגר המזוהם והזרמות הביוב בעקבות הגשם, עתה מצטרפים לחגיגת הזיהום גם מאגרי הקולחים (ביוב מטופל) שבשל קיבולת נמוכה יזרימו את תכולתם לנחלים ולים – באישור הוועדה למתן צווי הרשאה ואישור הוועדה למתן היתרי הזרמה לים. משמעות ההזרמה היא זיהום נחלים, זיהום ים וסגירת חופי הרחצה למשך שבועות רבים – בחלק מהמקרים לאורך כל תקופת החורף.
מט"ש איילון היה הראשון לבקש היתר מהוועדה למתן צווי הרשאה להזרים את הקולחים לנחל גזר, נחל האיילון ומשם לירקון. אליו מצטרפים מכון טיהור שפכים (מט"ש) דרום שרון מזרחי שמזרים קולחים לירקון, מאגר חצור, מט"ש נטופה ועוד ועד. ככל שהחורף יתקדם כך יגבר מספר הבקשות להזרמה ובעקבותיהן וסגירת החופים בפני שחיינים וגולשים הממתינים בכיליון עיניים לגלי החורף.
הסיבה להזרמה היא מחסור בשטחי איגום של הקולחים שבקיץ משמשים להשקיה חקלאית ואילו בחורף הם נאגרים במאגרים עד לקיץ הבא. אלא שבעקבות החלטת משרד האוצר ורשות המים להקים מאגרים אזוריים בלבד, ולא לתמוך במאגרים קטנים, הופסקה הקמתם של מאגרים חדשים במשך כחמש שנים, החלטה שגרמה לעודפים רבים המוזרמים לסביבה. אומנם בשנים האחרונות הוקמו מספר מאגרים ובשנים הקרובות מתוכננים עוד מספר מאגרים במקומות שונים בארץ, אך אין בכך כדי להדביק את הפער שרק הולך וגדל. בכל שנה גדלה אוכלוסיית המדינה ב-1.8% ואיתה צריכת המים ויצור הקולחים. הגידול באוכלוסייה מחייב הקמת עוד ועוד שכונות מגורים הנבנות על השטחים הפתוחים והחקלאיים בעיקר במרכז הארץ. גם המשבר בחקלאות גורם לחקלאים לזנוח את שטחי הגידול וכתוצאה מכך החורף מתחיל במקומות רבים עם מאגרי קולחים מלאים שאת תכולתם מבקשים בעליהם להזרים לסביבה.
הבעיה אינה רק כמות הקולחים הגבוהה הזורמת לסביבה אלא גם איכותם. תקנות שאישרה הכנסת לפני למעלה מ-10 שנים קבעו שעד 2015 יש לטהר את כל הקולחים לרמת טיהור שלישונית, שמתאימה להשקיה של מרבית הגידולים. אלא שחמש שנים אחר כך רק מחצית מהקולחים היא ברמת טיפול שלישונית ואילו היתרה מטופלת לרמת טיפול נמוכה יותר (שניונית), שפוסלת את השימוש בהם לחלק מהגידולים. בעיה נוספת היא שברגע שקולחים ברמה נמוכה מוזרמים למאגר שבו קולחים ברמה שלישונית הם הופכים את המאגר כולו לשניוני – המשמעות היא קיטון בדרישה לקולחים ויצירת עודפים המוזרמים לסביבה וגורמים לזיהומה.
לדעת חלק מהגורמים במשק המים בעתיד הלא רחוק לא יהיה מנוס מהקמת צינורות שיזרימו את עודפי הקולחים לים – "צלול" כמו רבים אחרים מתנגדת לכוונה זו. את עודפי הקולחים צריך להעביר למקומות שבהם חסרים מים להשקיה – לעמקים המזרחיים ולנגב שיש בו פוטנציאל של כשני מיליון דונם קרקע חקלאית המושקת כיום בכ-335 מיליון מ"ק קולחים בלבד והם מסוגלים לקלוט עוד כ-700 מיליון מ"ק קולחים. את הקולחים העודפים מאזור המרכז יש להעביר לדרום ולמזרח באמצעות צינורות שיש להשקיע בהקמתם. אומנם מדובר בהשקעה כספית גבוהה בתשתית ובצנרת, אך אין ספק שיש בכך יתרון רב על פני בזבוז מים יקרים באמצעות הזרמתם לים והמשך הפגיעה בסביבה הימית ובציבור.