המאבק להוצאת כלובי הדגים של החקלאות הימית ממפרץ אילת, נחשב עד היום לאחד המוצלחים בתולדות המדינה, שכן הוא הביא לראשונה לסגירתו הסופית של מפעל מזהם, שגרם לנזק סביבתי חמור.
כלובי הדגים במפרץ אילת הוכנסו לים במסגרת ניסוי של המכון לחקר הימים והאגמים. לאחר הצלחת הניסוי ב-1995, הוצבו בים-סוף למעלה מ-100 כלובים, בהם גודלו כ-2,500 טון דגים בשנה. כלובי הדגים הוכנסו לים ללא אישור גופי התכנון וללא רישיון עסק. המבנים על שפת הים נבנו באמצעות היתר חריג, שתוקפו הוארך פעם אחר פעם.
עם הגידול בכמות הכלובים בים, טענה עמותת צלול, כי הם פוגעים בשונית האלמוגים הייחודית של מפרץ אילת, שהיא הצפונית בעולם ומאיימת על קיומה. צוללנים שצללו במי המפרץ העידו, שהאלמוגים סובלים מפגיעה וכי הריף כולו נמצא בסכנת קריסה מידית. לאור עדויות אלה טענה "צלול", שהמזון והתרופות הניתנים לדגים והפרשותיהם, גורמים לעכירות המים המונעת את חדירת קרני שמש, שאינה מאפשרת ליצורים הימיים לבצע פוטוסינתזה. אך לא רק זאת, הפרשות הדגים שוקעת בקרקעית הים ויוצרת מרבדי חיידקים הפוגעים ביצורים הימיים שנמצאים מתחת לכלובים. הצפיפות בכלובים מעודדת התפרצות מחלות והתפתחות טפילים המועברים אל דגי הבר. מאחר ומקורם של דגי הדניס בים התיכון, הרי ש"בריחת" דגים מהכלובים מפרה את האיזון האקולוגי העדין של ים סוף. דרישתה החד משמעית של "צלול" היתה לסגור את כלובי הדגים ולהעביר את גידול הדגים ליבשה. דרישתה זו של "צלול" עוררה את עיריית אילת, את מוסדות התכנון ואת הממשלה לטפל בסוגיה זו.
עיריית אילת פעלה כנגד בעלי הכלובים בבתי המשפט. הממשלה מינתה צוות מנכ"לים, שמינה צוות מדענים בינ"ל, שקבע שכלובי הדגים מזהמים את הים ופוגעים בשונית. לאחר הליכים ממושכים במוסדות התכנון השונים ובעקבות דו"ח צוות המדענים, החליטה גם המועצה הארצית לתכנון ובניה לאשר את תכנית המתאר לחופי אילת (תמ"א 13) ללא כלובי הדגים, וקבעה שיש להעביר את גידול הדגים מן הים לברכות ביבשה, כמקובל בעולם.
בפברואר 2004 החליטה הממשלה להחזיר את התכנית שוב למועצה הארצית, אך זו דבקה בהחלטותיה הקודמות והורתה לבעלי הכלובים להוציאם מהים מתוך 14 חודשים. ביוני 2005 החליטה הממשלה לאשר את תמ"א 13, ללא כלובי הדגים, והורתה את הוצאתם מהים בתוך שלוש שנים, כשליש מהדגים בכל שנה.
למעלה מ-10 שנים לאחר שהוכנסו לים, כלובי הדגים הוצאו ממנו באופן סופי בשנת 2008. שונית האלמוגים הייחודית של מפרץ אילת מתאוששת, ואילו הציבור ומקבלי ההחלטות קיבל שיעור מצוין באזרחות, לפיו גם במדינת ישראל ניתן לנצח במאבק ציבורי צודק.
בשנים האחרונות תומך משרד החקלאות, בשיתוף מלח"י, בפילוט שמטרתו להקים ברכות לגידול דגי ים בערבה. עמותת צלול מתנגדת לפרויקט זה בטענה, שבסופו יגרום לזיהום הים ולפגיעה בשונית האלמוגים שבו.