דו"ח מבקר המדינה 2017 הסכים עם מה ש"צלול" טוענת זמן רב – על המדינה לקחת אחריות מיידית על נחלים חוצי גבולות ובראשם נחל קדרון, אליו זורמים שליש משפכי ירושלים, ועל נחל אלכסנדר אליו זורמים שפכי שכם וג'נין, המזהמים את הנחל ואת הים התיכון. זאת בנוסף, כמובן, לזיהום הזורם ביתר הנחלים ממחנות צבא ומהתנחלויות.
לדעת "צלול", העובדה שהמדינה מתנערת מטיפולה בנחלים אלה היא שערורייה. במקרה של נחל קדרון השפכים גורמים להרס של אתרי מורשת בעלי חשיבות עולמית ולסבל רב לאוכלוסיות הגרות לאורך הנחל – פלשתיניות וישראליות. במקרה של נחל אלכסנדר, אמנם השפכים נוצרים מעבר לקו הירוק, אך הם מזהמים את נחל אלכסנדר ואת חופי מכמורת ובית ינאי וגורמים לסבל רב לאוכלוסיית עמק חפר.
כדי לזרז את הטיפול בזיהום בנחל קדרון עתרו עמותת צלול והחברה להגנת הטבע לבג"ץ בבקשה שיורה למדינה להתחיל ליישם ארבע תוכניות לטיפול בנחל, שאושרו על-ידי הוועדה המחוזית, אך בוטלו על-ידי רשות המים. בג"ץ אמנם טרם החליט בנושא, אך קבע שהמדינה גוררת רגליים ומתעלמת מאחריותה.
עמותת צלול דורשת ממשלת ישראל ליטול אחריות על הנעשה בתחומה – למצוא פתרון לשפכים הזורמים בקדרון ולהקים ללא דיחוי מט"ש ביד חנה, שיטפל בשפכי טול כרם ושכם.